Le protagoniste de Neuronaut est un misérable employé de bureau, dont la vie était en constante récession. Un jour, se reposant sur un banc, il est approché par un vieil homme étrange, qui lui propose de lui vendre un livre. Il accepte, et de l’homme, obtient un guide sur la projection astrale. Malgré son scepticisme, il décide de se lancer. Peu de temps après, il parvient à quitter son corps et à entrer dans celui d’un autre homme: un jeune élève. À partir de là, le roman visuel devient une tranche d’histoire, où le protagoniste tente de vivre la vie de l’étudiant pour lui et de prendre les bonnes décisions. Le visual novel comprend deux heures de lecture, quatre personnages romantiques et sept fins.