School Detective Yamako commence avec l’héroïne principale qui étudie pour les examens dans la bibliothèque de l’école. Les lumières s’éteignent soudainement et un homme cagoulé l’attaque dans l’obscurité, puis la viole. Des semaines plus tard, Yamako parle à un thérapeute, essayant d’oublier l’événement horrible. La police n’ayant pas pu l’aider, elle décide de découvrir elle-même l’identité du violeur, et un jeune psychologue accepte de l’aider. Le jeu est un drame policier axé sur l’exploration. Contrôlant Yamako, le joueur est chargé de trouver des indices en explorant divers domaines. Lorsque suffisamment d’indices ont été rassemblés, le joueur est ensuite invité à tirer une conclusion sur la base de ses recherches, propulsant l’histoire vers l’avant. Tout au long de son aventure, Yamako sera violée, se livrera à des relations sexuelles en groupe et rencontrera des tentacules lubriques. Il y a un total de dix scènes d’événements dans le jeu, qui sont également accessibles depuis le mode mémoire.
