Jeanne at the Clock Tower est un eroge isekai qui commence vers la fin de la Seconde Guerre mondiale. Roland, un soldat des Forces françaises libres, et son ami Olivier participent à l’invasion de la Normandie pour libérer leur patrie. Alors que leur avion était sur le point de descendre sur une position ennemie pour un raid, il a été exposé aux tirs ennemi. Après un atterrissage en catastrophe, Roland et Olivier quittent leur avion et entrent dans une forêt sombre, où ils rencontrent un groupe de cavaliers. Ce groupe apparemment médiéval était dirigé par Edwalda, une femme chevalier vêtue d’une robe noire. Les cavaliers finissent par attaquer la paire. Roland protège Olivier avec son corps lors de l’attaque. Cette action blesse mortellement. A son réveil, Roland se retrouve près d’une source de forêt avec Jeanne, la fille qui l’a soigné. Étrangement, ses blessures sont complètement guéries, comme s’il n’avait jamais été blessé en premier lieu. Malheureusement pour Roland, tout était réel et il découvre également que le monde dans lequel il s’est réveillé n’est pas le sien. C’est un monde pris dans un conflit éternel et un bain de sang sans fin. Jeanne est la jeune fille condamnée et piégée du temps au centre de cette histoire de guerre. Toutefois; lorsque Roland et Jeanne se sont rencontrés, la tour de l’horloge a fonctionné une fois de plus, marquant un nouveau passage du temps. Tous deux partent en voyage dans cet étrange monde déformé.